Bộ máy tổ chức của Trung tâm Bảo tồn di tích gồm:

1. Lãnh đạo Trung tâm: có Giám đốc và không quá 03 Phó Giám đốc.

2. Các bộ phận chuyên môn, nghiệp vụ:

- Phòng Hành chính – Tổng hợp;

- Phòng Nghiệp vụ Bảo tồn di tích;

- Phòng Kế hoạch – Tài chính;

- Ban Quản lý di tích Tháp Bà Ponagar;

- Ban Quản lý danh thắng Hòn Chồng – Hòn Đỏ;

- Đội Bảo vệ.